Juanfran, 28 tuổi, gia nhập Atletico Madrid vào tháng 1-2011 từ CLB Osasuna với giá 4 triệu euro. Kể từ khi đầu quân cho Atletico Madrid, Juanfran đã nổi lên là một trong những hậu vệ cánh phải xuất sắc tại La Liga và được gọi vào đội tuyển Tây Ban Nha. Vì thế, khi được Atletico Madrid đề nghị gia hạn hợp đồng, Juanfran đã đồng ý ngay lập tức. 

Chia sẻ trên website của Atletico Madrid, Juanfran cho biết: "Đầu tiên tôi muốn gởi lời cám ơn đến câu lạc bộ và huấn luyện viên vì đã cho tôi cơ hội chứng tỏ mình. Tôi rất tự hào khi được khoác áo Atletico Madrid và tôi muốn mặc chiếc áo này thêm nhiều năm nữa".

Trong hơn 2 năm rưỡi khoác áo Atletico Madrid, Juanfran đã ra sân 79 trận và cùng với CLB này chinh phục ba danh hiệu gồm: Europa League (2011-12), Siêu cúp châu Âu (2012) và Cúp Nhà vua Tây Ban Nha (2012-13).

Trong màu áo đội tuyển Tây Ban Nha, Juanfran đã xuất hiện 5 lần kể từ ngày ra mắt trong trận giao hữu với Serbia vào tháng 5-2012 (Tây Ban Nha thắng 2-0).